L’iguane bleu est considéré comme en danger critique d’extinction sur la liste rouge de l'UICN. La population est cantonnée à l'intérieur Est de Grand Cayman, où elle a été réduite à un niveau très faible.
La destruction de son habitat est la première cause du déclin des populations d'iguanes bleus. En effet, les terres sauvages de Grand Caïman sont de plus en plus utilisées pour laisser place à des terres cultivées, des routes ou des habitations et autres infrastructures humaines.
Dans l'édition 2012 de la liste rouge, l'UICN estime la population des iguanes bleus de l'ordre de 443 individus, après des lâchés importants d'animaux élevés en captivité dans le cadre de le Blue Iguana Recovery Program.
Le Blue Iguana Recovery Programme a été lancé par le National Trust for the Cayman Islands en 1990. La stratégie de sauvegarde du BIRP est d'obtenir le plus possibles de jeunes iguanes aux origines génétiques différentes. Les jeunes animaux sont conservés en captivité de leur sortie de l’œuf à l'âge de deux ans, quand ils ne risquent plus d'être victimes des rongeurs et chats errants. Ces animaux sont ensuite relâchés dans la nature pour recréer une population d'iguanes dans des zones protégées.